La CPA con el apoyo de la Cofradía Náutica de la Marina de Rupanco y del Condominio Rahue-Rupanco encargó un amplio estudio del sistema lacustre de Rupanco a las universidades de Los Lagos y Austral. Se determinaron las características fisicoquímicas de las aguas en cuatro estaciones a diferentes niveles de profundidad (ver informe Diagnóstico de las aguas del Rupanco).

Se midieron los mismos parámetros en diez ríos/esteros tributarios del lago para determinar sus respectivos aportes en nutrientes y el grado de contaminación de estos cursos de aguas.

La conclusión del estudio es que el lago se encuentra en buena condición oligotrófica. Algunos sectores evidencian un cierto grado de contaminación lo que se debe monitorear y mitigar.